Comme dit vince, avoir un bordel de fichiers de config ou un bordel dans une BDR ne change pas grand-chose : dans les deux cas il faut discipliner un peu. À ma connaissance, depuis Windows Vista, il y a eu pas mal de travail pour améliorer la situation (mais bon, je ne suis pas expert Windows).

Par contre, avoir une API unifiée pour lire et écrire la configuration est quand même super pratique, vu que ça facilite le boulot des outils de gestion de configuration (au lieu de faire des acrobaties quand on veut modifier une seule valeur sans toucher aux autres), ça évite les erreurs de syntaxe, et ça permet d'avoir un seul outil pour lire les fichiers de config pour analyse statique.

macOS a le même principe avec un format standardisé de fichiers de config (les plist). Au final, que ça soit un fichier de config par application (à un emplacement standardisé) ou un emplacement fixe dans une BDR, ça ne change pas grand-chose.