En fait, c'est surtout que plusieurs libs tierces utilisent l'ancien jQuery, et plusieurs autres utilisent le nouveau.
Mais apparemment il y a une solution, l'équipe de jQuery a conçu un plugin de migration pour les pré-1.9. Paradoxalement on retire l'ancien jQuery et on rajoute un "jQuery migration" en plus du nouveau jQuery. Il va falloir aussi que je remplace tous les jQuery.function() par des $.function() dans l'application. Et changer tous les appels à ces librairies (car c'est codé à l'ancienne, sans template, donc chaque page a sa propre liste de tous les fichiers JS qu'elle doit charger). Du travail en perspective, mais faisable.