vince (./59) :
si on vise le 25fps, il faut que je balaye à 6400Hz les lignes et 400Hz pour les couches.

Y'a pas que le framerate, il faut aussi voir la fréquence de clignotement. À 25 Hz ça fera mal aux yeux. Faut compter 50 Hz minimum pour que ce soit tolérable, et perso je tablerais plutôt sur 100 Hz pour que le clignotement soit imperceptible.
Par ailleurs faut pas oublier un truc avec le multiplexage, vu que les LEDs ne sont allumées que 1/256^ème du temps, il faut en théorie leur balancer un courant 256x plus important pour compenser la perte de luminosité. Sauf que si tu pousses le bouchon trop loin, les LEDs crameront à cause de la puissance instantanée, même si la puissance moyenne est OK. Du coup il faut limiter au maximum la durée des impulsions, donc augmenter la fréquence (et même comme ça, tu devras probablement te contenter d'une luminosité moindre pour éviter que ça grille).
Y'a un 3^ème effet qui pousse à augmenter la fréquence : avec du multiplexage, les "rafraîchissements" des LEDs ne sont pas synchrones, du coup si la fréquence est trop basse ça perturbe la perception des mouvements (on voit ça sur certains panneaux défilants à LED : quand le texte est fixe tout va bien, mais quand il défile il apparaît incliné "en trapèze").

vince (./59) :
1) je pensai mettre des condos en série des verticales de led pour créer de la rémanence. C'est nécessaire à votre avis ? Si oui, quelle valeur ?

Je n'en ai jamais vu sur le multiplexage 2D, faudrait réfléchir pour voir si ça a un avantage pour du multiplexage 3D mais ce n'est pas évident et ça pose d'autres problèmes.

vince (./59) :
2) j'aimerai faire un système en deux parties, l'une servirait de driver d'affichage à proprement parler et l'autre à alimenter le buffer d'affichage, vous feriez ça sur un ou deux circuits ?

Ça dépend, tu as un intérêt à modulariser ou pas ?

vince (./59) :
3) j'aimerai que le système ait un mode "autonome" (avec des infos lues depuis une mémoire interne qui jouerait la même chose en boucle) et mode "commandé" où un appareil tiers (un PC typiquement) transmette le contenu a afficher
4) j'ai un raspberry pi B+ vous pensez que ça vaut le coup de s'en servir ou est ce que je risque de me prendre la tête par rapport à un µC classique ?

C'est pas idiot, mais il faut voir dans quelle mesure un Raspberry Pi peut faire du "vrai" temps réel (sachant qu'un retard ou un plantage côté commande peut te cramer tes LEDs).

vince (./59) :
5) Dans quelle mesure on peut envisager des niveaux de gris avec un tel système ?

En théorie c'est possible, mais ça augmente encore la fréquence de multiplexage dont tu vas avoir besoin.