Nil (./31) :
Tu n'as pas la possibilité de porter un bout de ton code sous Windows pour voir si les écritures sont gérées de la même façon à débit identique ? Ou de voir avec un logiciel qui fonctionne en direct2disk si les problèmes sont les mêmes ?
Pas simple, et pas de licence Windows

Sinon, j'ai fait un test rapide d'une nouvelle solution.
Le thread d'acquisition (à haute fréquence) produit les fichiers en RAM de manière continue (et ne fait strictement aucun appel disque, même pas ramfs), et un autre thread (à plus faible fréquence) le vide sur le disque en une seule commande write en mode sync, en continue
Ca à l'air de fonctionner et de ne pas faire de frame drop (et je monte à 200Mo/s !)
Une idée de format archive le plus simple possible (genre juste une concaténation de fichier) ?
(Si je peux éviter un fichier au format custom, je suis preneur).