Ça vient de l'absence de l'utilisation de pip ^^ Je pensais que pip était fourni de base, à vrai dire (et pkg_resources doit venir avec).

Quand tu utilises pip (ou python setup.py develop, ou encore python setup.py install), run.py est ignoré et un joli fichier est installé dans ton $PATH (qui a sensiblement le même contenu que le run.py), avec les bons shebang et permissions.