Godzil (./6) :
Les headers systèmes je changent pas, ou en tout cas si ils changent de manière notable tu auras d'autre problèmes, si ton code change les headers de manière notable un make clean / make est la plus simple et sure des solutions.

Oui mais généralement tu oublie que tu as modifié des trucs dans tes headers et tu comprend pas pourquoi ça foire.
Avoir les dépendance gérer par ton système de compilation (peut importe lequel) te simplifie le problème grandement.
Et bien sur dans le cas d'un gros projet long a compiler tu recompile que ce que tu as besoin.