En effet, le temps passé en attente d'IO n'est pas compté dans le max_execution_time, cf. http://php.net/manual/fr/function.set-time-limit.php :

La fonction set_time_limit() et la directive de configuration max_execution_time n'affectent que le temps d'exécution du script lui-même. Tout temps passé en dehors du script, comme un appel système utilisant system(), des opérations sur les flux, les requêtes sur base de données, etc. n'est pas pris en compte lors du calcul de la durée maximale d'exécution du script. Ceci est faux sous Windows où le temps mesuré est le temps réel.