Ca devait etre lié à cette histoire d'ACSI et IDE.
J'ai réussi à m'en sortir:

J'ai créé un fichier image.

J'ai fait un fichier vide de 300Mo (307200x1024), à l'aide de la commande suivante (sur mac, mais ca doit etre pareil sous linux)
dd if=/dev/zero of=hdd300.image bs=1024 count=307200

J'ai ensuite mis ce fichier (hdd300.image) comme disque ACSI dans Hatari.
En disque GEMDOS, j'ai mis un dossier local qui contenait un dossier AUTO avec HDDRIVER, et HDDRUTIL.
J'ai booté sur ce disque GEMDOS, HDDRIVER m'a détécté le disque de 300Mo.
Avec HDDRUTIL j'ai fait 3 partitions
J'ai rebooté (pour que HDDRIVER reconnaisse bien les partitions)

Ensuite j'ai un peu galéré pour installer HDDRIVER sur ma partition C (vu qu'il voyait deux disques C, le GEMDOS et le disque dur ACSI virtuel)
J'avoue que je ne sais plus comment j'ai fait pour m'en sortir, mais j'ai fini par reussir à rendre ce disque dur bootable.

Ensuite ca a roulé.