Si tu veux vraiment tout écraser: git reset --hard origin/master annule (efface) toutes tes modifications locales, committées ou pas.

Sinon, l'idée est de faire un commit de tes modifications locales et ensuite un pull avec rebase (git pull --rebase) pour déplacer tes modifications locales par dessus le master actuel. Ensuite, tu peux éventuellement finir ce que tu as commencé et faire un git commit --amend. Finalement, seulement quand tu es content du résultat, tu fais un push. (Si tu n'es pas content et si tu n'arrives pas à nettoyer ton bordel, tant que tu n'as pas fait de push, tu peux toujours faire un git reset --hard origin/master pour tout écraser.)

Je ne connais pas l'interface de Tortoise Git, donc je ne peux pas te dire où trouver tout ça dans ses menus.