Meowcate (./1) :
La première chose en tête qui m'est venu est une carte heuristique, mais ce n'est pas vraiment fait pour, et ensuite elle risque d'être particulièrement lourde à gérer.

C'est aussi ce que j'allais conseiller (avec FreeMind). Ou un diagramme/graphe (avec yEd).
Les concepteurs de livres dont vous être le héros d'avant le numérique fonctionnaient avec un graphe (avec une numérotation qui n'était pas celle de l'édition et qui était plus linéaire ; au moment de l'édition, il y avait un mélange qui était fait), donc pour moi ça doit être pareil.