Ça va nettement plus vite quand on a le shell en natif. MSYS ou Cygwin rament énormément. Et en plus Windows 9x/Me est excessivement lent pour créer de nouveaux processus, et les shell-scripts font ça sans arrêt. (Je pense qu'un shell avec les commandes *nix les plus importantes en interne pourrait accélérer ça de beaucoup.) Bref, la compilation sous Linux est de loin plus rapide que sous Windows.