Finalement j'ai utilisé SendNotifyMessageA (qui n'est pas bloquant), avec un paramètre WM_USER a la fin de mon thread, et je traite ce message dans ma fenêtre pour réactiver les boutons nécessaires.
C'est vrai que, je me souviens avoir tenter de "Threader" un vieux projet de Raytracer afin de pouvoir calculer plus vite, et en fait j'ai tout casser mon code qui ne fonctionne plus du tout, parceque il a fallu dupliquer des structures de données pour que chaque thread y accède séparément, et ça a pas mal compliquer la chose.
J'imagine que ce n'est pas tellement le fait que ça soit une variable globale qui pose problème, puisque même si je passe l'adresse d'une structure globale en paramètre de la fonction thread, ça ne changera rien, c'est plutôt l'accès concurrentiel aux données qui pose soucis ?
Il faut vraiment que je me penche sur ça pour étudier ce problème.