Pour autant que j'aie pu lire sur le sujet, la logique voudrait que le ventilo soit mis dans un sens cohérent avec les autres flux d'air. Donc s'il y a un ventilateur qui aspire à l'avant du PC, et un ventilateur qui souffle à l'arrière (la configuration standard des boîtiers), je mettrais le côté qui souffle du ventilo CPU vers l'arrière.

Après, il y a parfois des phénomènes difficiles à prévoir, et des boîtiers PC conçus bizarrement, donc l'idéal si tu veux être vraiment sûr est de faire des tests.

Perso je dirais : si ça fonctionne tel quel et que les températures indiquées sont dans la plage normale, c'est pas forcément la peine de te casser la tête. Par contre si les températures sont trop hautes, ça vaut le coup d'inverser le sens pour voir si ça améliore les choses.