En première approximation, la dissipation thermique totale sera la même, juste répartie sur deux cartes au lieu d'une.

Par contre, il est possible que ce soit moins bruyant. Par expérience, deux ventilos à 3000 rpm c'est beaucoup plus supportable qu'un ventilo à 6000 rpm, par exemple.

Après ça dépend comment tes cartes graphiques gèrent la ventilation. Si c'est "au-delà de X°C, ventilo à fond", avoir 2 cartes peut faire pire que mieux. Mais moi je dis : ça se tente