ça ne m'étonne pas plus que ça que ça ne fonctionne pas correctement sur émulateur.
Il n'y a actuellement aucun émulateur qui émule correctement à100% (loin de là) la Jaguar et encore moins quand il s'agit de fonctionnalité "exotique" voir non documenté comme l'entrelacé par exemple.

Cependant, je viens de tester et...

1ère chose, dans tous, les cas il faut choisir la taille de l'écran *2 ou *3, en *1 la résolution reste en simili 320*240 et il manquera donc la moitié des pixels.

Sur Virtual Jaguar 2.1.2 (final) effectivement ça ne fonctionne pas correctement, jamais à priori. L'entrelacé n'est pas pris en compte il y a donc 1 ligne sur 2 (comme avec une vraie Jaguar quand ça déconne) et après l'écran d'intro il n'y a plus rien.
Sur Virtuel jaguar GIT 20150310 (2.1.3 Prerelease) surprise, ça fonctionne, des fois (bon en fait j'ai réussi à le faire fonctionner une seule fois...). L'entrelacé est bien pris en compte mais affiché en progressif sur PC et l'écran fractal s'affiche aussi... mais décalé et les lignes paires et impaires sont inversées.
J'ai fais une capture d'écran mais sur Yaronet pas évident de la mettre en commentaire...

Je n'ai pas essayé tous les émulateurs, mais depuis mon essai plus ou moins réussi, impossible de le refaire fonctionner.
Tous les Virtual Jaguar semblent partager le même endroit pour stocker les informations de configurations mais je ne sais pas où et j'ai un peu la flème de chercher. Il faudrait peut être les réinitialiser pour que ça refonctionne.