Je pense réelement que c'est à cause de mettre le port à 100% ou 0% et de ne pas avoir d'intermédiaire.

Tu te trompes légèrement. Tu as un intermédiaire entre le 0 et le 100 %. Par exemple, si tu mets le port à 100 % 0 % puis encore à 100 % (à la suite), il est probable que l'onde produite ressemble à ça:

 100%     |    _  _
          |   / \/ \
 50 %     |  /      \
          | /        \
 0 %      |/          \
          ------------