C'est marrant, la gestion du focus sous Linux est vraiment une question d'habitude... moi je suis souvent perturbé sous Windows à cause de ce que tu décris pour la molette de la souris et la prise de focus ^^

Après, a priori avec XFCE on peut tout paramétrer (je ne sais pas sous Unity), mais les options sont disséminées dans
Paramètres > Peaufinage des Fenêtres > Focalisation (mais aussi Accessibilité)
Paramètres > Gestionnaire de fenêtres > Focalisation
(Et sous d'anciennes versions, dans Paramètres > Accessibilité)