He bien oui c'est le gestionnaire de fenetre de Windows qui place par défaut en (0,0) ce qui n'est pas forcément le cas sous d'autre systemes(KDE par exemple).

Si tu veux center a l'écran, tu peux utiliser un truc du genre:

window.setSize(640,480);
Dimension dim=Toolkit.getDefaultToolkit().getScreenSize();
window.setLocation((dim.width-640)/2, (dim.height-480/2));