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La circoncision, qui est l'ablation du prépuce du pénis est parfois qualifiée de mutilation sexuelle. Toutefois, cette qualification de «mutilation» a été examinée au sein d'organisations internationales comme l'ONU, son antenne médicale, l'OMS et Amnesty international, qui ne l'ont pas reconnue comme telle. L'Unicef indique que seule la penectomie, c'est à dire l'ablation du pénis dans son intégralité, peut être comparée à l'excision, mais qu'en aucun cas l'ablation du prépuce ne peut y être comparée.