Bon je n'ai pas tout lu (trop long) mais en gros :

- Windows propose un service d'installation (MSI) meme si tout le monde ne l'utilise pas, il y a quand meme un service standard (et il est de plus en plus utilisé)

- Quand Flan liste 3Go d'application ça n'integre pas que les executables (j'imagine que tu as fait un "Information" sur le dossier application) ça integre aussi toutes les ressources (ou du moins une partie) des applications

- les Plugins dans les application sous Mac OS on 2 comportement
1 -> Le plugin est partagé entre tous les utilisateurs, il est donc mis dans le bundle de l'application
2 -> Le plugin est privé, et il est donc installé dans ~/Library/QQchose (ça dépend de l'application)
(Il existe un troisième choix qui est presque identique au comportement demandé au 1: le plugin est installé dans /Library/QQchose, mais c'est moins propre que le 1)

- On ne peut pas stoquer les préférences d'une application directement dans son bundle, du moins on ne peut pas le faire pour toutes les préférences simplement a cause du multi-utilisateur car chacun n'a pas forcement envie d'avoir les même préférences que les autres...