A priori les interclassements n'ont aucune influence là dessus (l'interclassement change juste la façon dont MySQL fait ses comparaisons, de façon à avoir un vrai ordre alphabétique en UTF8 plutôt qu'un truc foireux basé sur le code binaire des caractères par exemple). Un mauvais interclassement peut juste donner des résultats curieux lors des "order by machin", ou bien des erreurs de violation de clé unique (ou à l'inverse pas d'erreur alors que deux clés supposées être égales sont insérées sans problème).

En revanche il peut y avoir eu un problème au niveau de l'encodage lors de l'importation de la base. Le moyen le plus simple de vérifier c'est de faire le "set NAMES = blabla" où il faut et de voir si ça règle le problème (si oui, y'a plus qu'à dumper et réinjecter la base avec le bon format).