Zephyr: aptitude gère les dépendances au niveau de la désinstallation mais pas apt. tu peux utiliser deborphan sinon pour voir les paquets qui ont été installés et ne sont plus utilisés. il est conseillé d'utiliser aptitude qui est plus évolué qu'apt, la syntaxe est la même pour les opérations basiques donc tu devrais pas être dépaysé ^^

quant à apt, il utilise tout simplement dpkg pour installer les .deb qui sont téléchargés depuis ton miroir dans /var/ , je vois pas en quoi son fonctionnement est "opaque"