Ah ok donc c'est normal si apt me perd de la place, en gros j'ai plus qu'à refaire mon install puisque j'ai des bouts de fichier qui trainent partout maintenant ?

Sinon pour le caractère opaque c'est pas tellement apt mais plutôt le système des .deb, et "t'as qu'à éditer le fichier pour voir ce que ça fait" n'est pas une bonne réponse, c'est une énorme perte de temps. La logique voudrait que des standards soient définis et que les installations se fassent toujours de la même façon pour toutes les applications, avec un nombre limité de dossiers de destination, etc.

En l'occurrence je n'ai pas la moindre idée de l'emplacement où sont toutes les applications, et j'ai surtout l'impression que c'est explosé un peu n'importe comment. J'aurais préféré savoir que tous les fichiers des applis étaient dans "/applications/<nom de l'appli>/", les fichiers de config dans "/configuration/<nom de l'appli>/" et les paramètres utilisateur dans "/home/<user>/config/<nom de l'appli>/" par exemple. Dans le pire des cas j'aurais pu tout supprimer à la main en étant sûr de ne rien oublier.