Il me semble que les outils graphique suppriment également les dépendances par défaut. En ligne de commande par contre, il peut en effet parfois arriver que des paquetages devenus inutiles après un apt-get remove restent installé, apt-get te le signalera.

Pour les enlever il faut faire apt-get autoremove

Zephyr (./1) :
je n'aime pas trop ce truc complètement opaque dont on ne maitrise rien du fonctionnement d'ailleurs

Le fonctionnement est pourtant bien moins opaque qu'un installer Windows. Tu peux éditer un .deb sans difficulté et pour voir ce qu'il installe et ou.