Pareil, avec le SCSI tu risques aussi un crash de disques (et ça, c'est du vécu en direct sur un serveur en exploitation le pire c'est qu'on voulait juste tester les capacités de Hot Plug, donc que le disque n'avait aucun problème et contenait plein de données ).
En fait, généralement, on utilise le hotplug pour ajouter du disque, ou pour remplacer un disque déjà défectueux. Après, il y a des systèmes plus sûrs que d'autres (avec coupure électrique du disque à éjecter), mais le reste du temps, il faut quand même faire attention quand on retire un disque qui tourne toujours.
Enfin, je suis aussi assez parano sur ce sujet, surtout depuis la malheureuse expérience du SCSI donc je parle ; d'autres te diront peut-être qu'ils n'ont jamais eu de soucis ^^.