http://en.wikipedia.org/wiki/NTFS#Interoperability
http://en.wikipedia.org/wiki/HFS+#Other_operating_systems
À mon avis, NTFS posera moins de problèmes.

Mais sinon, je ne vois pas pourquoi tu exclus dès le départ ext2/ext3/ext4, il y a aussi des pilotes pour les autres systèmes d'exploitation.