C'est effectivement le bordel, mais le bidule qui gère le multi-écran s'appelle xrandr et est intégré au serveur X, mais avec des options spécifiques suivant les drivers je crois . Mais bon il y a quand même des options standard qu'on peut mettre dans le xorg.conf, et tu as un outil en ligne de commande qui te permet de changer le mode après démarrage de X. Perso j'ai jamais réussi à configurer ça pour que le serveur démarre autrement qu'en mode clone — enfin si, j'ai fini par réussir à avoir l'affichage sur un seul écran et *dans la résolution de cet écran*, mais même ça c'est pas évident, par contre changer de mode après démarrage fonctionne bien mais il faut donc le faire à chaque fois (enfin il fallait quand j'ai configuré tout ça, c'était il y a deux ans, c'est peut-être mieux maintenant)

Bref fais man xrandr pour plus d'infos