Il y a deux tables de partitions, la GPT (EFI) utilisée par MacOS, et la MBR (BIOS) utilisée par windows (qui ne sait pas lire la GPT). Les outils apple ou linux savent le gérer (ou te l'indiquent en rouge quand ils risquent de faire de la merde) et ils font ça en travaillant sur la GPT et en synchronisant à chaque fois la MBR. Sous windows, si tu t'amuses à repartitionner (ou simplement à changer des flags, ce que je soupçonne pour mon problème) ça ne sera par contre pas répercuté sur la GPT et tu as une désynchro.

Edit: pour les softs j'ai eu beau chercher, il n'en existe que dans le sens GPT -> MBR, l'autre sens n'intéresse pas grand monde on dirait.