Flanker (./908) :
Normalement, il n'y a pas de MBR (il faut un partitionnement GUID pour OS X) ? Ou l'émulateur de BIOS en rajoute un ? J'ai toujours eu la flemme de regarder ça en détail.
C'est pas l'émulateur de BIOS en tant que tel, car lui il s'en fout, mais globalement, dès que tu fais le moindre truc un peu spécial ta table de partition se voit convertie en hybride GPT+MBR. Tu as également le choix dans DiskUtil, apr contre le GPT+MBR n'est pas réversible en GPT seul. (faut utiliser gdisk pour ça)
Je ne connais pas trop de logiciels pour vérifier l'intégrité du GPT et du MBR, malheureusement :/
C'est pas trop compliqué globalement, pour le MBR, si tu as un bit de travers, ça peut foutre ton système en vrac. Pour le GPT c'est un peu plus évolué et je sais plus.
BookeldOr (./909) :
Il y a deux tables de partitions, la GPT (EFI) utilisée par MacOS, et la MBR (BIOS) utilisée par windows (qui ne sait pas lire la GPT).
Windows lit le GPT depuis XP version Itanium (de mémoire). Mais il faut attendre Vista pour les x86.
Les outils apple ou linux savent le gérer (ou te l'indiquent en rouge quand ils risquent de faire de la merde) et ils font ça en travaillant sur la GPT et en synchronisant à chaque fois la MBR.
Les outils linux sont à bannir pour manipuler de la GPT.
Sous windows, si tu t'amuses à repartitionner (ou simplement à changer des flags, ce que je soupçonne pour mon problème) ça ne sera par contre pas répercuté sur la GPT et tu as une désynchro.
D'une y'a des outils pour réparer ça, de deux on suppose que quand tu fais une opération telle que repartitionner un disque, tu sais ce que tu fais. Si tu sais pas, tant pis

Edit
: pour les softs j'ai eu beau chercher, il n'en existe que dans le sens GPT -> MBR, l'autre sens n'intéresse pas grand monde on dirait.
Tu as bien mal cherché alors, car
ça existe. Et ça fait absolument tout… Si tu sais ce que tu veux et ce que tu fais.