Pour moi, c'est clairement un fonctionnement voulu, et le plus logique vu les contraintes. Et le problème est pratiquement réglé de nos jours: toutes les distributions grand public utilisent des locales UTF-8 par défaut, donc les noms de fichiers sont en UTF-8, et par convention en NFC, ce que presque toutes les applications produisent naturellement (certaines ne gèrent même pas les caractères composants).