Kevin Kofler (./1934) :
Le mode d'utilisation conseillé est de ne pas livrer juste les vraies sources, mais aussi des fichiers prégénérés.
L'idée est de ne nécessiter rien de plus qu'un "simple shell",
Et c'est très bien, non ?

mais sous le système d'exploitation le plus utilisé, un "simple shell" est beaucoup plus compliqué à installer qu'un simple exécutable comme CMake.
Non. C'est exactement équivalent. Ils existent plein de shell pour Windows: msys2, mobaxterm, cygwin, bash4win10. Je dirai même que c'est plus simple : mobaxterm n'a même pas besoin d'être installé pour fonctionner. Et l'installeur de CMake pour Windows demande à desinstaller à la main la version précédente avant d'installer la nouvelle version.
Et les fichiers prégénérés font que si on veut corriger un bogue, ou adapter le code pour trouver une bibliothèque aux exigences d'une distribution particulière, il faut patcher tous
les logiciels qui utilisent les autotools.
Soit je n'ai absolument pas compris ce que tu racontes, soit tu ne sais vraiment pas utiliser un script configure.
Les fichiers prégénérés sont d'ailleurs totalement illisibles, parce qu'ils ont choisi de contourner les erreurs dans tous les shells Bourne-like possibles et imaginables au lieu de présupposer un shell un minimum standard. 
C'est tout à fait lisible. Moche à lire, mais lisible.
Il y a régulièrement des changements incompatibles dans le langage (une raison de plus pour laquelle ils conseillent de toujours livrer les fichiers prégénérés avec les projets
).
Les fichiers autotools proprement écrit ne sont que rarement impacté. Seuls les fichiers autotools qui tapent dans les détails d'implémentation sont impactés.
Et franchement, c'est plus propre qu'avant !
La bidouille m4 + shell rame à fond par rapport à un exécutable natif comme CMake.
C'est vrai. Au moins, elle marche elle.
Autoconf s'obstine par défaut à tester plein de propriétés que de toute façon toute source moderne présuppose depuis des années (parce qu'elles font partie par exemple du standard C de 1989/1990!). Tous ces tests pour des trucs évidents comme HAVE_STDIO_H sont ensuite complètement ignorés par pratiquement toutes les sources, ce n'est que du temps perdu pour rien.
Non. Seulement si tu lui demandes de le faire.
Maintenant, compare un configure généré par autoconf à un shell script écrit par une forme de vie intelligente.
Ou même les makefiles d'automake à des makefiles faits à la main, d'ailleurs.
Et bien voilà :
- joli: Makefile manuel >> Makefile autotols >> Makefile cmake
- bug free: Makefile autotols > Makefile manuel ~ Makefile cmake
Pour compléter, je suis d'accord sur plusieurs défauts:
- Ca rame à mort sous Windows, mais c'est la faute du noyau Windows de ne pas avoir implanter d'appel "fork"
- Ca ne s’intègre pas aux IDE
- Des paquets abusent des autotools (genre un configure alors que tu es dans l'étape du make ou des tests inutiles ou des tests ré-implémentés mais bugués)