On en a déjà parlé, pour moi c'est deux mouvements indépendants ; WebAssembly va fournir un nouveau langage, en revanche je ne vois pas pourquoi les plate-forme cibles changeraient leur lib standard. Celle de Node.js s'étoffe petit à petit (doc), celle des navigateurs risque d'être beaucoup plus complexe à bouger.

Sinon pour les stigmates du JS, tu penses à quoi ? Je ne vois que l'absence de typage, et WebAssembly possède bien des types donc de ce côté c'est bon. Pour le reste j'ai l'impression que JS permettait déjà pas mal de choses, c'est simplement la syntaxe qui ne te plait pas (mais c'est exactement ce que va faire disparaître la VM).