Oui on se doute que les applications gèrent comme elles l'entendent les clics de souris qu'elles reçoivent, comme sous n'importe quel système (donc tu peux très bien faire une appli qui utilise le bouton du milieu pour sélectionner du texte, le bouton de gauche pour accéder au menu contextuel, le bouton de droite pour passer en plein écran et la molette pour fermer l'application, mais bon ), mais la convention veut que le bouton du milieu dans un champ texte serve à coller la sélection ^^
donc c'est bien « lié à X11 » au sens où c'est une convention que respectent les applications X11, le fait que ce ne soit pas le serveur lui-même qui transforme le clic milieu en une action « coller » est assez secondaire (et puis pour pouvoir le faire il faudrait qu'il sache si la souris est sur une zone d'édition de texte, c'est pas son boulot ^^)

Par ailleurs le fait qu'il soit possible de récupérer du texte qui a été sélectionné dans une *autre* application est bien un mécanisme propre à X11 autant que je sache