En règle générale, pour les clauses, il faut spécifier que pour tout ce dont tu n'es pas responsable, ça n'entre pas en compte. Comprendre que si le trajet met théoriquement 45 minutes en heure de points, que tu as une réactivité requise d'1h mais qu'à cause d'un carton sur le périph tu arrives au bout de 2h, ça ne peut pas t'être imputé. Les autres cas de force majeure (catastrophe naturelle, décès d'un des agents, etc. sont à prendre en compte. De même que les défauts de fonctionnement du système non imputable à votre équipe doivent être exclus : s'il y a un défaut électrique et que le service tombe/que ça n'entre pas dans le PRA, vous ne devez pas avoir de pénalités).

Concernant les décès des agents, voir avec ton employeur direct les autres cas de force majeure : décès d'un proche, maladie d'un enfant ou autre... si vous n'êtes pas beaucoup, surtout avec les directives relatives à la grippe, vous pouvez très bien vous trouver tous dans l'impossibilité de répondre à une demande. Pour ça, je ne sais pas si ton employeur direct décide de le faire entrer dans les exclusions (mais je pense qu'il aura du mal ; pour le coup, ce sont des perturbations annexes qui ne doivent pas être à la charge du client), ou s'il s'assure d'avoir en permanence une solution de replis.

Pour les pénalités de retard, le plus simple est de spécifier que, pour pouvoir en bénéficier, le client doit présenter la preuve qu'il y a bien dépassement du délais entre le moment où il a transmis l'information (d'ailleurs, comment se fait le relais ? c'est centralisé par ta boite qui dispatche ?) et le moment où le système a été remis en service/l'arrivée de l'opérateur dans les lieux. Le fait qu'il y ait obligation de fournir une preuve pour lancer la procédure de pénalités fait que pour de petites sommes ou de petits accrocs, le client laissera tomber...

Tiens, d'ailleurs, l'assurance-qualité est sur quoi ? Sur la réponse au suivi ? Ou sur la qualité de service ? Parce que c'est important : soit vous vous engagez à ce que le service soit remis en fonction n minutes/heures après le signalement de la panne, soit vous vous engagez uniquement sur de délais d'arrivée d'un technicien. Les engagements sont différents... le coût pour le client aussi.
(Typiquement, par exemple, quand je bossais à Lyon, sur certains serveurs critiques, HP s'engageait à remettre les machines en état à h+7. Ce qui impliquait d'avoir en permanence du stock de pièces détachées sur la région pour répondre à une demande... sauf que suite à une bourde d'EDF, il y a eu une surtension tellement forte qu'elle est remontée malgré les onduleurs et qu'elle a fait griller 17 cartes mères des serveurs en question... et qu'ils n'avaient pas 17 cartes mères en stock dans les délais impartis . Bon, on n'a pas fait jouer les pénalités parce que c'était un peu une situation exceptionnelle - mais les services centraux se sont retournés contre EDF).