./4 > J'ai hésité à proposer celle là mais je me suis dit que c'était une pratique de programmation crade
Mais tant qu'à faire j'en ai une mieux

sudo mv /usr/include /usr/include.real
sudo mv /usr/local/include /usr/local/include.real
sudo ln -s /usr/include.real /usr/local/include
sudo ln -s /usr/local/include.real /usr/lnclude

(Mouahaha)
Enfin sinon l'idée en ./3 de recopier en local est sans doute le meilleur compromis. Mais si jamais c'est pour avoir une version particulière d'une lib il vaudrait mieux inclure la lib elle-même dans le projet à compiler je pense...
Enfin je suis malgré tout pas certain de bien cerner le problème, et si tu veux vraiment tout ignorer de /usr/local il y a forcément moyen de redéfinir temporairement les valeurs par défaut du répertoire d'include. (d'ailleurs ça serait pas bêtement une variable shell $INCLUDE par hasard ?)