Perso, j'ai eu des problèmes avec NTFS-3G, même si le bug était plutôt dans les drivers Windows. Je m'explique : si la partition Windows était mise en veille prolongée, et que l'on rebootait sous Linux et que l'on modifiait des fichiers sous la partitions Windows. Alors au prochain reboot de Windows, toutes ces modifications n'étaient pas prises en compte : en fait, Windows en mise en veille prolongée ne recharge pas les données de configuration de NTFS depuis le système de fichier mais depuis sa RAM qui avait été stockée sur le disque dur.