Plusieurs informations sont manquantes pour effectuer correctement un "diagnostic" :
- Quel serveur d'application utilises-tu ?
- Qu'appelles-tu "renseigner le build path" exactement ?
(=> s'il s'agit du build path défini du projet éclipse, ça ne sert que pour la compilation)

Tout d'abord, un projet JEE (.war, en général) a une arborescence (au moins) comme ça :
- /toutes tes ressources pages (*.jsp, *.css, *.js, etc) dans une arborescence à ta guise.
- /META-INF/*
- /WEB-INF/
- /WEB-INF/web.xml
- /WEB-INF/classes/*
- /WEB-INF/libs/*

Pour que Hibernate puisse être correctement exécuté, il faut que ta/tes librairies hibernate se trouvent dans /WEB-INF/libs/
Ensuite, dans le fichier /WEB-INF/web.xml, peut se trouver une ligne indiquant l'emplacement du fichier hibernate.cfg.xml
Le but est de placer ce fichier dans le répertoire /WEB-INF/classes/hibernate.cfg.xml, pour se faire, il suffit de placer ton fichier dans le répertoire src de ton projet.
Lorsque tu créeras le fichier .war, il placera le fichier automatiquement dans ce répertoire.

J'espère avoir été clair, si ce n'est pas le cas, n'hésites pas à poser des questions.