Je confirme ce que dit Flan au niveau des frameworks ; en ajoutant que c'est vrai aussi en PHP, pour les frameworks "complets".
Après, tu n'as pas forcément besoin de tout ça pour chaque appli ; et un framework plus simple comme Silex peut déjà te servir de bonne base.

Quant à ton besoin "plusieurs flux d'entrée et un ou plusieurs flux de sortie", plutôt que de tout coder "à la main", est-ce que tu as envisagé l'utilisation d'un ETL ?
En gratuit, tu dois pouvoir jeter un coup d'oeil à Talend, par exemple -- bon, c'est un peu de l'usine à gaz pas forcément évidente à maitriser, mais des fois ça permet de faire des trucs pas trop mal...