Bon, je remonte le sujet parce que je suis en train de faire l'implémentation (putain , 5 ans plus tard, youhou \o/) du système. Finalement, je suis parti sur du SQLite avec une table de structure très simple mais qui me permet de représenter un B-tree (avec une colonne "parent"). Je perds le "human readable", mais en pratique l'XML devenait très vite illisible à cause des CDATA et de la profusion des informations.
J'espère que je n'aurai pas de souci en cas d'accès concurrents (il y a un haut niveau de verbosité des logs, du coup si deux traitements sont réalisés en parallèle, j'espère que les locks ne vont pas finir par faire timeouter la chose... sinon il faudra que je mette en place un .lock pour interdire les traitements parallèles, mais j'aimerais éviter).

Désolé du remontage, j'avais envie d'en parler