Un système de dépendance permettrait pourtant de présenter un plug-in sous forme de paquet dépendant du logiciel associé, ce qui serait nettement plus propre (homogénéité) et commode (pour les développeurs et les utilisateurs). On n'aurait pas des petits fichiers perdus sur le disque.

Et, comme je l'ai indiqué dans mon édit de mon précédent post : tu trouverais ça normal qu'un programme .NET installe le CLR à chaque fois ? Avoue que ce serait un peu couillon quand même...

Enfin, pour répondre à la première partie de ton post : oui, j'ai cité de grosses applications, mais bon, concrêtement elles existent et il faut bien trouver une solution intelligente pour les gérer. Il me semble d'ailleurs que sur tous les systèmes (en tout cas GNU/Linux, Mac OS X, Win) on n'a qu'une occurence du logiciel, et pas une occurence pour chaque logiciel en dépendant.
D'ailleurs, si Windows a fait le choix d'utiliser des DLLs, c'est clairement pour pouvoir tirer parti de cette architecture modulaire...