Bin j'ai bien précisé à part qqes dépendances gérées par le fabricant de l'OS (genre .NET, mais java c'est le même genre) on peut également citer les codecs vidéo/audio...
mais à part ça, il ne devrait pas y avoir de dépendance à mon goût...

pour les mises à jour, quasiment toutes mes applis se mettent à jour toutes seules comme des grandes.
pour la désinstallation, je mets l'icône à la corbeille, c'est tout aussi rapide

plus que l'interopérabilité des logiciels, je vois surtout les problèmes de conflit... y a pas si longtemps, mon cobureau a viandé son Ubuntu en installant une visionneuse de photo les joies des dépendances...