Pour enrichir la réponse de Kevin, ton .flv est reconnu comme un type générique application/octet-stream et pas comme quelque chose de connu "Flash Video (video/x-flv)", et ton application refuse de faire des associations avec des trucs génériques.
Ta database MIME ne doit pas être à jour. Voir http://standards.freedesktop.org/shared-mime-info-spec/shared-mime-info-spec-latest.html
Mais je déconseille de faire la mise à jour sans passer par sa distribution.