Déjà, la doc est pour un PC98, qui n'est pas un PC classique, mais un ordinateur fabriqué par NEC uniquement pour le Japon, et qui diffère pas mal des PC habituels sur le plan hardware. Et la souris qu'ils montrent est sur port série, pas PS/2 ; je suppose que leur bidouille sert uniquement à compenser la différence de brochage entre le port série du PC98 et le port souris "classique".
Sinon, je pense que les souris séries PC peuvent se brancher directement sur les Ataris ; en tout cas, dans l'autre sens ça fonctionne sans problèmes (je viens de ressortir une vielle souris de ST pour la tester sur mon PC, et je m'en sers en ce moment-même

)
EDIT : Je me suis planté, en fait la souris avec laquelle j'ai fait le test est un modèle PCM2 (qui est identique extérieurement à la STM1 classique des ST) mais qui a été prévue pour PC. Les port souris des Atari sont différents des ports série des PC.