Les mises à jour avec Anaconda sont officiellement "supportées" (au même titre que Fedora lui-même évidemment, pas de support au sens commercial), les mises à jour avec apt-rpm ont toujours marché chez moi aussi.
J'ai fait:
RHL 7.3 -> FC1 -> FC2 -> FC3 -> FC4 -> FC5 (FC1->FC2 avec apt-rpm parce que Anaconda boguait, avec Anaconda sinon)
après réinstallation sur un nouveau PC (j'aurais pu migrer et mettre à jour aussi, mais bon...):
FC6 -> F7
Et sur mon PC portable (PII 266 MHz):
FC2 -> FC5 (Anaconda) -> FC6 (apt-rpm) -> F7 (apt-rpm)