Effectivement, GhostLink permet ça (on peut accéder au lecteur de disquettes et au disque dur de l'autre ordinateur directement). Par contre il me semble que la version complète est payante.
Sinon, tu peux aussi utiliser des programmes de terminal qui supportent un protocole en commun (Xmodem et Zmodem sont très courants). L'inconvénient est qu'il faut transférer les fichiers un par un, ce qui n'est pas pratique s'il y en a beaucoup (mais on peut créer une archive ZIP pour faciliter les choses).
Côté PC, tu peux utiliser HyperTerminal qui est inclus dans certaines versions de Windows, ou sinon
Tera Term qui est gratuit.
Côté Atari, je ne connais pas les logiciels qui existent, mais tu devrais pouvoir en trouver ici :
http://www.umich.edu/~archive/atari/Telecomm/
Enfin, il reste pas mal d'autres possibilités pour transférer des données entre PC et Atari (disquettes, port parallèle, interface réseau sur port cartouche, émulateur de lecteur de disquettes et de disque dur à base de carte SD, etc.). N'hésite pas à demander s'il te faut davantage d'informations.