Houla... tu vas chercher loiiiiiin là, à moins que ce soit ironique.
D'ailleurs c'est marrant, j'étais sûr qu'on allait me sortir l'exemple Photoshop.
Les calques ne sont certainement pas de la 3D, c'est une simple superposition de formes à travailler indépendamment. Partant de là, dans Inkscape le moindre objet est sur son propre calque.
Ensuite, l'effet de calque "ombrage" de Photoshop est une simulation de cette idée de copier/coller/bouger pour créer une ombre sur Inkscape. À ceci près qu'il s'agit de la version rapide, sous entendue light. On ne peut pas donner des effets d'ombres plus efficace comme un dégradé zoné ou un effet de perspective sur la distance comme on pourrait le faire avec une duplication. Et de nombreux effets aux conséquences similaires ont besoin d'une duplication même sur Photoshop, comme par exemple les reflets de verre de la mode crystal-design.
Il y a bien de la simulation de 3D sur Photoshop ou Gimp, mais il s'agit de transformation de forme comme on pourrait le faire avec une déformation de calque. Il y a bien de la simulation de lumière, mais ce n'est jamais que des espèces de pinceaux qui partent d'un point "lumineux" à de moins en moins de lumière.
Les ombres automatisées consistent au final en des halos sombres autour de l'objet que l'on déplacera au mieux, les ombres avancées nécessitent toujours une duplication de l'originale.
Et si vous tenez tant à ce que la suppression de l'objet supprime l'ombre, groupez les deux calques/objets (Photoshop/Inkscape).