Kevin > il n'y a pas de règle générale, je ne suis pas sûr qu'il y ait une meilleure solution que connaître tous les cas particuliers.
En gros, mais c'est très flou, on emploie le subjonctif : soit parce qu'on doute de l'événement, qu'il est hypothétique (je ne crois pas que, je doute que, je ne suis pas sûr que, à moins que, etc.), soit parce qu'il ne s'est pas encore produit (avant que, il faut que, je veux que, etc.), soit quand on exprime une opinion à son sujet (c'est dommage que, j'apprécie que, etc.)
Et sinon on emploie l'indicatif (par exemple je sais que, je suis sûr que)
Ça c'est la théorie qui est bien jolie...
Mais en fait on emploie aussi l'indicatif après je pense que, je crois que, je suppose que (bien que ça soit hypothétique, l'idée est selon moi qu'on n'insiste pas sur le doute) et même après j'espère que (alors que c'est hypothétique *et* futur... on va dire que c'est parce que quand on espère on y croit vraimen très fort

) ; inversement on utilise le subjonctif après je ne doute pas que (et là je ne peux vraiment pas trouver de justification, désolé

) — par contre on met l'indicatif après sans doute que, et même d'ailleurs après peut-être que... mais le subjonctif après il se peut que/il est possible que.
Autre cas que je viens d'utiliser, bien que, où on met le subjonctif. Mais alors que appelle l'indicatif...
Bref, en pratique c'est n'importe quoi
