Nil > j'ai bien compris ton argument, mais je n'y crois pas. Je suis persuadé que dans 50 ou 100 ans, on saura toujours lire un PDF, même si ce n'est plus un format couramment utilisé. On n'est plus dans le cas des hiéroglyphes égyptiens, où la connaissance nécessaire n'était détenue que par une petite caste qui ne se préoccupait pas des soucis de préservation (normal à l'époque).
Le PDF est un format documenté, avec plein d'implémentations, des milliards de fichiers qui peuvent servir d'exemple, suffisamment répandu pour que la question de la préservation dépasse le cercle des historiens (ne serait-ce que les entreprises), et la facilité de duplication des fichiers numériques fait qu'on a plein de backups. Je ne vois vraiment pas comment dans un siècle, il pourrait ne plus rien rester de tout ça.
La question est nettement plus cruciale pour les supports matériels : c'est beaucoup plus compliqué de refabriquer un lecteur de cartouches, par exemple, que de résoudre un problème de format logiciel.
Encore une fois, je ne dis pas que transcoder vers des formats plus récents est une mauvaise chose (c'est une précaution utile), mais ça me semble secondaire par rapport à d'autres problématiques plus urgentes - et il ne faut pas que ça se fasse au détriment de l'intégrité des documents d'origine.
Flan > bah, les archéologues travaillent déjà avec des trucs oubliés depuis plus longtemps que ça

Je suis persuadé que tant que c'est accessible, on arrivera à le décoder.
Et puis si on réfléchit à une échéance aussi longue, il y a d'autres problèmes : faudra aussi comprendre la langue d'il y a 500 ans.