"Normalement", les deux ne devraient pas être incompatibles.
Sinon, au niveau dogmatique, je n'en ai pas la certitude mais il est fort probable que l'excommunication pour un avortement se fasse
de facto. Dans la réalité des faits, ça n'est pas appliqué (la plupart du temps soit parce que ça ne se sait pas, soit parce que les religieux proches des fidèles connaissent la réalité du terrain et savent qu'exclure quelqu'un qui a besoin de tout sauf ça n'est pas pertinent). Et, en pratique, le Pape aurait pu lever l'excommunication (comme ça avait été fait pour les rugbymen qui avaient pratiqué le cannibalisme). Il faut quand même noter que, généralement, ces levées ne se font pas immédiatement (pour un certain nombre de raisons : éviter que l'exception ne devienne la règle, permettre au temps de faire son oeuvre, éviter une décision basée sur le sentiment et non sur la raison...).
Sur ce dernier point, d'ailleurs, il me semble que c'est une bonne chose. Mais il faudrait que ça puisse être fait dans un sens comme dans l'autre, sauf que la "préventive" n'existe pas dans le droit canon (ou alors j'ai loupé un épisode ^^).
Disons qu'étant donné la situation (avec cet imbroglio sur le retour des schismatiques, le côté émotionnel de l'histoire et la crise latente qui se profile dans les communautés de fidèles vis à vis des hauts représentants), la communication a été particulièrement mauvaise. Le premier fautif étant l'évêque qui a probablement voulu faire un exemple devant la scène médiatique (super exemple

). Le second fautif (mais en même temps, il se trouve de fait dans une situation particulièrement compliquée) étant Benoit XVI qui ne peut pas sermonner ouvertement son évêque, mais qui aurait tout de même pu dégonfler la situation en demandant une sorte enquête canonique et en suspendant l'excommunication jusqu'aux résultats de cette enquête. Après, je ne suis pas certain que mettre cette pauvre fille au milieu d'un problème religieux de cette ampleur soit nécessairement une bonne chose.
Sinon (je n'ai pas l'article en tête), il me semble que l'excommunication touche les médecins. Je pense que l'évêque a surtout utilisé la médiatisation de l'affaire dans le pays pour frapper un grand coup au niveau de l'avortement, et qu'il a commis une double erreur.
La première, comme je l'ai déjà dit, c'est de mettre cette pauvre fille au milieu d'un conflit politico-religieux (il ne faut pas oublier la dimension politique de l'affaire).
La seconde, c'est de se retrouver dans la position du méchant aveugle. En voulant atteindre les médias, il a parasité son discours en devenant non plus celui qui se bat pour protéger la vie, mais en prenant la place du bourreau sans coeur qui condamne aveuglément sans prendre en compte la dimension humaine (quand on voit ce que Dieu a pardonné à David...).